Het Marvel universum staat op barsten. Jij en je team Marvel Superhelden moeten samen met Nick Fury een geheime, preventieve counteraanval lanceren tegen Latveria en Lucia Bardas. New York is namelijk in gevaar door een oplaaiende burgeroorlog. Burgers van de metropolis willen dat de superhelden zich bekend maken. De schade die de stad de afgelopen jaren heeft opgelopen, blijkt teveel voor sommigen. De oorzaak? Een verwoede strijd tussen enkele helden en schurken leidt tot een explosie in Stamford, Connecticut. 600 burgers, waaronder enkele onschuldige schoolkinderen, zijn het slachtoffer. De bevolking en de regering beginnen het gedrag van de superhelden in twijfel te trekken. Authoriteiten noemen de aanslag, een 'achteloze superkracht'. Hierdoor begint de bal te rollen.

Superhuman Registration Act

Het publiek eist nu een 'Superhuman Registration Act'. Deze wet verhindert dat superhelden voortaan anoniem door het leven gaan. Elke misstap van onze superhelden zal voor de nodige consequenties leiden. Dit leidt tot verdeling onder de superhelden. Sommige zetten zich achter de wet, terwijl andere superhelden niets van registratie willen afweten. In de game kan je kiezen of je speelt met een held die anti- of pro-registratie is. Iron Man, Mister Fantastic en Spider-Man willen hun persona op het spel zetten terwijl Captain America, Luke Cage en Iron Fist zich faliekant keren tegen de wet. Deze zes personages zijn enkel speelbaar onder deze standpunten. De rest van de personages kunnen spelen onder de twee standpunten. Alle beslissingen die je in de game neemt, zodoende ook de personages die je kiest, beïnvloeden het spelverloop. Je eerste grote beslissing is de keuze van je startpersonages.

Marvel Fusion

Marvel Ultimate Alliance 2 is een actie/RPG hybride waarbij alle personages sterker kunnen worden met de ervaring die ze verzamelen. Je kan met zo'n 24 karakters, plus enkele exclusieve personages per console/handheld, spelen. De co-opmode is nog steeds het hart van de game. Je selecteert vier personages waarbij drie andere spelers de controle kunnen nemen over de personages. Op de console kan je dus met vier spelers aan de slag. De co-op, zowel off- als online, is een heel belangrijk onderdeel van de gameplay. Net als in Marvel Ultimate Alliance kan je combo's en supercombo's uitvoeren. MUA2 verbetert de animaties van de speciale aanvallen en voegt een nieuwe 'fusion' toe. Deze 'fusion' of fusie van superkrachten creëert zo'n 250 verwoestende aanvallen. De game maakt ook meer gebruik van zijn omgevingen. Auto's, machines, lantaarnpalen en alles wat los staat, kan je gebruiken als wapen.

- Creëer het ultieme Marvel superheldenteam. Meer dan 24 speelbare personages, elk met hun unieke superkrachten.
- Werk samen met drie andere spelers in de unieke 4 speler co-opmode (off- en online).
- Kies je zijde! Ben je pro- of anti-registratiewet, verdedig de nationale veiligheid of vecht voor je persoonlijke vrijheid.
- Fusion - Combineer de superkrachten en creëer 250 unieke en verwoestende aanvallen voor een onvergetelijke strijd.
- Verwoest en gebruik de omgeving in je voordeel door auto's, lantaarnpalen, machines en alles wat je op weg vindt, als wapen te gebruiken.